Kotły Gdańsk są specjalnymi podgrzewaczami wody. Podczas gdy piece przenoszą ciepło w ciepłym powietrzu, systemy kotłów rozprowadzają ciepło w gorącej wodzie, która oddaje ciepło, gdy przechodzi przez grzejniki lub inne urządzenia w pomieszczeniach w całym domu. Chłodniejsza woda powraca następnie do kotła w celu jej podgrzania. Systemy ciepłej wody są często nazywane systemami hydraulicznymi. Mieszalne kotły Gdańsk na ogół wykorzystują jako paliwo gaz ziemny lub olej opałowy. W kotłach parowych, które są dziś znacznie mniej powszechne, woda jest gotowana, a para przenosi ciepło przez dom, skraplając się do wody w grzejnikach podczas chłodzenia. Ropa i gaz ziemny są powszechnie stosowane. Zamiast systemu wentylatorów i kanałów, kocioł wykorzystuje pompę do cyrkulacji ciepłej wody przez rury do grzejników. Niektóre systemy ciepłej wody cyrkulują wodę przez plastikowe rurki w podłodze, system nazywany promiennym ogrzewaniem podłogowym.
Ważne elementy sterujące kotła obejmują termostaty, aquastaty i zawory regulujące obieg i temperaturę wody. Chociaż koszt nie jest trywialny, na ogół znacznie łatwiej jest zainstalować termostaty i sterowniki „strefowe” dla poszczególnych pomieszczeń z systemem hydraulicznym niż z wymuszonym przepływem powietrza. Niektóre elementy sterujące są standardowymi funkcjami nowych kotłów, a inne można dodawać w celu oszczędzania energii.
Podobnie jak w przypadku pieców, kondensacyjne kotły gazowe są stosunkowo powszechne i znacznie bardziej wydajne niż kotły bez kondensacji (chyba że zastosowane zostaną bardzo skomplikowane kontrole). Opalane olejem kondensacyjne kotły Gdańsk są rzadkie w Polsce z kilku powodów związanych z niższym utajonym potencjałem cieplnym i możliwością większego zanieczyszczenia konwencjonalnym olejem opałowym.
W przypadku ogrzewania domu często stosowane są także pompy ciepła. Pompy ciepła to tylko dwukierunkowe klimatyzatory (patrz szczegółowy opis w rozdziale poświęconym układom chłodzenia). Latem klimatyzator przenosi ciepło ze stosunkowo chłodnego pomieszczenia do względnie ciepłego na zewnątrz. Zimą pompa ciepła odwraca tę sztuczkę, usuwając ciepło z zimna na zewnątrz za pomocą układu elektrycznego i odprowadzając to ciepło do domu. Prawie wszystkie pompy ciepła wykorzystują systemy wymuszonego dostarczania ciepłego powietrza do przemieszczania ogrzanego powietrza w całym domu.